Cuối tháng 7/1963, các tướng Trần Văn Đôn, Lê Văn Kim và Dương Văn Minh đã có ý định đảo chính để chấm dứt khủng hoảng, lật đổ chính phủ bị nhiều người xem là độc tài, gia đình trị. Theo báo cáo của CIA, đồng thời có ít nhất mười nhóm âm mưu đảo chính cùng chung mục đích kể trên của các tướng tá trẻ. Chính các nhóm này gây áp lực khiến các tướng lĩnh cấp cao phải quyết định hành động để ổn định tình hình, ngăn ngừa xảy ra những cuộc đảo chính của các nhóm khác có thể đưa miền Nam vào khủng hoảng trầm trọng hơn.[67]

Ngày 21/8/1963, tổng thống Ngô Đình Diệm họp nội các để thông báo đã thiết quân luật trên toàn quốc đồng thời đánh chiếm các chùa và bắt giữ "bọn tăng ni làm loạn". Bộ trưởng Ngoại giao Giáo sư Vũ Văn Mẫu phát biểu phản đối hành động của chính quyền rồi rời cuộc họp. Sau đó ông cạo đầu và từ chức bộ trưởng bộ Ngoại giao. Vũ Văn Mẫu cùng một số giáo sư đại học thành lập Phong trào Trí thức Chống Độc Tài.[68]

Để ngăn ngừa đảo chính, chính quyền thuyên chuyển tư lệnh các Vùng Chiến Thuật. Tướng Tôn Thất Đính từ Vùng II về Vùng III. Tướng Huỳnh Văn Cao về Vùng IV. Tướng Nguyễn Khánh về Vùng II. Tướng Đỗ Cao Trí về Vùng I. Những tướng bị nghi ngờ được triệu về Sài Gòn giữ những chức vụ không có quân. Tướng Trần Văn Đôn và Dương Văn Minh làm cố vấn quân sự Phủ Tổng thống. Chính quyền tăng cường phòng thủ tại Phủ Tổng thống để chống lại một cuộc đảo chính có thể diễn ra.[69]

Ngày 23/8/1963 tướng Lê Văn Kim cho Rufus Phillips, Giám đốc Ủy ban Hoa Kỳ về Phát triển Nông thôn, biết có 1426 tu sĩ Phật giáo bị bắt. Tất cả chất nổ và vũ khí tìm thấy trong các chùa là được gài vào. Dân chúng tin rằng Quân lực Việt Nam Cộng hòa đang giữ trách nhiệm đàn áp Phật tử và đang chuyển dư luận sang chống đối quân đội trong khi quân đội chỉ hành động như con rối trong tay Cố vấn Ngô Đình Nhu, người đã lừa gạt quân đội trong việc ban hành thiết quân luật. Các lãnh đạo quân đội như tướng Tôn Thất Đính và Trần Văn Đôn, không biết gì về các kế hoạch tấn công chùa Xá Lợi và các chùa khác. Chiến dịch đó thực hiện bởi Lực lượng Đặc biệt của Đại tá Lê Quang Tung và cảnh sát dã chiến theo lệnh bí mật của ông Nhu. Ngô Đình Nhu hiện nắm quyền kiểm soát, và Tướng Đôn đang nhận lệnh trực tiếp từ ông ta. Nếu tình hình này không sửa chữa và nếu dân chúng không được biết sự thật, quân đội sẽ bị tê liệt một cách nghiêm trọng trong cuộc chiến chống Cộng.[70]